2012年,出演刘杰执导的青春校园喜剧电影《青春派》,在片中饰演乐观开朗的男主角居然,这是他的首部电影作品,从而正式进入演艺圈。
2013年,凭借电影《青春派》入围“第50届台湾电影金马奖”最佳新演员奖;同年7月,参加湖南卫视脱口秀节目《天天向上》的录制,这是他的综艺首秀;同年10月17日,凭借电影《青春派》获得“第8届华语青年影像论坛”年度新锐男演员奖。
2014年,与江一燕、焦俊艳、王龙华合作主演惊悚悬疑电影《笔仙3》,在片中饰演媛媛的男朋友子健,与焦俊艳饰演一对情侣,并献出荧幕初吻;同年5月10日,凭借电影《青春派》获得“第21届北京大学生电影节”最佳新人奖;同年8月,凭借电影《青春派》获得“第十届北京青少年公益电影节”青少年最喜爱男演员奖;同年,与李梦、尚铁龙、李大光合作主演青春喜剧电影《少年巴比伦》,在片中饰演做事不动脑子的男主角路小路,并担任该片的出品人。
2015年,与孙红雷、周冬雨、王栎鑫合作主演青春校园喜剧电影《少年班》,在片中饰演生性拘谨、为人谦和且略带自卑的少年班班长吴未;随后,与赵涛、张译、梁景东合作主演剧情电影《山河故人》,在片中饰演沈涛和张晋生的儿子张到乐,并与张艾嘉有一段忘年恋;同年6月7日,获得“第15届中国电影表演艺术学会金凤凰奖”学会新人奖;同年6月19日,担任“亚洲新人奖颁奖典礼”的主持人,这也是他的主持首秀;随后,担任“第18届上海国际电影节传媒大奖颁奖礼”的颁奖嘉宾;同年,与颜卓灵、宋伊人、林柏宏合作主演爱情电影《六弄咖啡馆》,在片中饰演有才华不张扬且思虑清晰的男主角关闵绿;之后,与德姬合作主演剧情电影《德兰》,在片中饰演男主角小王;此外,董子健还担任了电影《捉妖记》的出品人。
2016年1月7日,获得新浪微博之夜年度中国电影新力量男演员奖;同年,与钟楚曦、春夏合作主演校园喜剧电影《完全男生手册》,在片中饰演男主角何晓阳;9月8日,获得“GQ年度盛典”年度新人奖;之后,与邓超、彭于晏、赵丽颖合作主演剧情电影《乘风破浪》;同年12月9日,与杨幂合作主演的科幻爱情微电影《我是你的小幂phone》在腾讯视频播出,而董子健在片中则饰演了男主角成宇。
2017年,参加湖南卫视生活服务纪实节目《向往的生活》的录制;随后,与王俊凯、刘昊然、张一山、王大陆作为固定嘉宾参加浙江卫视偶像对抗挑战真人秀节目《高能少年团》的录制,并为该节目演唱主题曲《骄傲的少年》。8月22日,宣布加盟韩杰执导的电影《解忧杂货店》。
2018年,与王凯、杨烁合作主演年代剧《大江大河》,在剧中饰演杨巡,这也是他的首部电视剧作品;8月,他还入选了福布斯中国“30位30岁以下精英”榜(娱乐领域);11月,与雷佳音、杨幂、于和伟合作主演悬疑电影《刺杀小说家》。
2019年11月11日,与王凯、杨烁合作主演的电视剧《大江大河2》在宁波开机;随后,加入CCTV-6“星辰大海青年演员计划”,并与另外31名演员共同出演了《星辰大海》MV。
2020年4月29日,与陈道明、刘诗诗、倪妮等领衔主演的电视剧《流金岁月》官宣演员阵容并正式开机。
2020年8月11日,《我和我的家乡》中陈思诚执导的《天上掉下个UFO》故事单元发布预告。9月12日,与赵丽颖、肖央合作主演的悬疑剧《谁是凶手》官宣阵容。